El sedimento proporciona un hábitat importante a los muchos organismos que son el eslabón esencial en la cadena alimenticia. Por ejemplo, los lodazales, aunque no muy atractivos, están compuestos de sedimentos y de organismos que viven en ellos, y es uno de los hábitat más productivos en el delta del estuario de la bahía. Cuando estos lodazales se contaminan, el efecto progresa en la cadena alimenticia; de pájaros, a focas, y a otros animales, y eventualmente llega a los humanos. También se intensifican cuando, por ejemplo, un pez se come un organismo contaminado y luego se lo come una foca, la cual come muchos de estos peces contaminados. En cada paso la concentración de químicos es mayor, un proceso llamado bioacumulación. Actualmente el nivel de contaminación de los peces presenta un alto riesgo a la salud de la fauna silvestre y de la gente que los come.

Químicos en el Sedimento
Los químicos que contaminan el sedimento del estuario del delta de la bahía, y a su vez el resto de la cadena alimenticia -- presentan diversas amenazas. Por ejemplo, un grupo de estos químicos, llamados hidrocarburos poli-cíclicos aromáticos (polycyclic aromatic hydrocarbons) pueden perjudicar el crecimiento de ciertos organismos, el metabolismo, la reproducción, la función inmunológica, y la fotosíntesis. Los químicos producidos por combustión (como la gasolina y otros combustibles) son cancerígenos para los humanos. El mercurio que se encuentra en los grandes depósitos de sedimento en el fondo de la bahía puede hacerle daño a peces, a pájaros, y a otra fauna; y también puede causar daños neurológicos y de desarrollo en los humanos. El mercurio sé bioacumula y su concentración puede disminuir sólo muy gradualmente.

Otros químicos por los cuales nos debemos preocupar son níquel, zinc, y cobre (porque su concentración es bastante alta) y por el DDT, clordano, dieldrin, y dioxins (por ser altamente tóxicos.)

Estos químicos tienen infinidad de orígenes, y llegan al estuario de maneras diferentes: por la contaminación del aire que cae en el agua, por descargas directas, y corrientes de agua lluvia que barre los pavimentos y otras superficies recogiendo contaminantes (runoff). Los metales son los contaminantes más frecuentes y provienen de distintos productos, desde los forros de los frenos (de cobre) hasta los termómetros (mercurio), y de otras actividades industriales.

Cierta contaminación del sedimento es causada por actividades anteriores -- en muchos casos actividades mucho antes finalizadas. Por ejemplo, los pesticidas con DDT y clordano fueron prohibidos en 1970, y aunque el nivel ha disminuido, aún se encuentran en el sedimento del Area de la Bahía. Todavía se usan muchos de los químicos que contaminan el sedimento de la bahía, y algunos, como los productos derivados de la combustión (hidrocarburos poli-cíclicos aromáticos) se producen diariamente y continúan entrando en el estuario en diferentes formas.

Cuando los químicos se entierran en el sedimento muchos no se disuelven inmediatamente. Además, el sedimento se mueve por el estuario, a veces por décadas debido a las dragas y al proceso natural del viento y las olas. En comparación, los contaminantes suspendidos en el agua se diluyen con la acción de las mareas y las inundaciones, y algunos contaminantes se deshacen más rápido en el agua.

El nivel de contaminación puede permanecer alto por muchos años, pero con la combinación de una política de decisiones inteligentes y el paso del tiempo, la condición del estuario puede mejorar. Por ejemplo, con la prohibición del DDT y del clordano, se ayudó a disminuir la concentración de su alto nivel en 1970. El nivel de la mayoría de otros contaminantes también se ha mantenido bajo. Para reducir aún más la contaminación del sedimento se van a necesitar medidas más estrictas y más acción de parte de los residentes del Area de la Bahía.

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