Más de mil buques petroleros pasan bajo el puente del Golden Gate cada año, así como incontables barcos de carga, botes de recreación, y otras embarcaciones. Numerosas refinerías de petróleo, tanques, y tuberías dibujan la bahía. Cada uno de estos podría causar un derramamiento de petróleo. El petróleo es extremadamente tóxico para la vida marina aún en concentraciones muy bajas. Sumado a esto, los humedales costeros de la bahía son particularmente vulnerables a los derrames. Sin embargo no se encuentra ninguna información disponible sobre los derrames de petróleo en la bahía, pero la información sobre California en su totalidad muestra que el número de derrames viene fluctuando desde 1990. El volumen de petróleo derramado bajó notablemente en 1991, pero viene fluctuando desde entonces.

Descubrimientos
Al no poder encontrar información especifica sobre los derrames anuales de petróleo en la Bahía de San Francisco, los investigadores de NRDC examinaron el número y la severidad de los derrames en California entre 1990 y 1999, reportados por los Guarda Costas de los Estados Unidos. Desde que en 1990 se aprobó el Oil Pollution Act y California's Spill Prevention and Response Act, ha habido un modesto descenso en el número de derrames de petróleo -- 651 en 1999 comparado con 688 en 1990 -- sin embargo este número varió de año en año. Mucho más dramático fue el cambio en el volúmen de petróleo derramado: de 1990 a 1991 bajó marcadamente, de 434,993 galones a 56,531 galones. Desde 1991, el volumen ha venido fluctuando. En 1999 se derramaron 77,139 galones. Dada la falta de información específica sobre los derrames en la Bahía de San Francisco, es difícil llegar a sacar una conclusión de éstas estadísticas acerca del efecto y del peligro que el petróleo presenta en la región.